医院污水处理设备不够注重。我国运转的医院污水处置站处置级别整体偏低，且区域差别性较大。处置级别低会招致出水SS 偏高，严重影响后续消毒效果。此外，对污泥处置不够注重，存在较大的环境风险。
处置工艺选择不当。目前存在传染病医院污水处置采用一级强化处置+消毒工艺等污水处置工艺选择不当情形呈现，直接招致污水处置排放不达标。医院污水大多运用含氯消毒剂停止消毒处置，且在运转中投加过量消毒剂，易产生三致效应的消毒副产物。
自动化水平低。已建造污水处置设备的医院中，自动化水平低，进出水水质及运转数据偏少。非智能化污水处置站，运维人员工作量较大，且现有医院污水处置站的工作人员多为医院污水处理设备管理人员或者暂时工，运维人员少。
